Bueno, he averiguado que para eliminar este problema debes editar el registro manualmente.
Prueba lo siguiente:
Desde el menú Inicio selecciona Ejecutar..., en esa ventana escribe regedit y dale a Aceptar. Esta acción abrirá el Editor de Registro. En el árbol de la izquierda despliega HKEY_CURRENT_USER y busca la carpeta Software. Bajo esta carpeta encontrarás la de Pleiades Astrophoto que contiene PixInsight. Al abrir ésta verás otras tantas carpetas como instancias tienes abiertas "000", "001", "002"...
Ahora selecciona una instancia cualquiera ("000" por ejemplo) y haz doble click en la palabra "Active" del panel derecho del Editor de Registro. Luego reemplazas la palabra "true" por "false". De esta forma la instancia quedará desactivada. Debes hacer lo mismo con todas las instancias que tengas. Luego cierras el Editor de Registro y eso es todo.
Espero que se solucione.