Hola Carlos
Disculpa mi tardanza en hacerme cargo de esto (problemas con mis dientes, ufff)
Se trata de un bug, que ya he corregido y estará solucionado en la próxima versión. El efecto es peor en Windows, pero también se produce en Linux aunque más lentamente.
Ahorrando detalles técnicos, lo que pasa es simplemente que cada vez que abres un diálogo de abrir archivo la posición en la pantalla avanza hacia arriba y a la izquierda, hasta que llega a desaparecer por la parte superior de la pantalla. Pasa lo mismo con Save As, Open/Merge Process Icons, y Open/Save Script.
De momento la cura es el truco que ha descubierto Iñaki, muy bueno, por cierto
Gracias y perdón por el problemilla