Hola César
Hay varias formas de quitarlas... pero ninguna es perfecta. Hay que dedicarle tiempo a este problema, y tratar de implementar una mejor solución. Personalmente creo que teniendo un buen sistema de detección de estrellas, sumado a un algoritmo de PSF que las pueda modelar, y algo como GRAYCStoration para rellenar (u otro modelo), se podría hacer algo muchísimo mejor. Quizás con las herramientas actuales algo se pueda avanzar, programando un script, pero yo me inclinaría más por algo más elaborado, directamente en C++.
No te puedo prometer meterme en ese tema por ahora... Este año quiero salir de los procesos a medio terminar que tengo acumulados, y el próximo semestre empezaré a hacer investigación con gente que trabaja con resonadores magnéticos...