Supongo que estás utilizando archivos FITS de 32bits enteros. Si es así, AA simplemente no está utilizando todo el rango dinámico para guardar los datos, sino que los tiene concentrados en un rango más pequeño (arbitrario). De esta manera, el primer paso para "corregir" esto es simplemente usar el proceso "Rescale" que encontrarás bajo "TransferCurves". Esto redistribuirá la información en todo el rango dinámico, sin pérdida alguna. Luego ya puedes modificar la imagen a tu gusto, ajustando los puntos negro y blanco, etc.