Hola Pere
En linux debes cargar PI a través del script, no ejecutando directamente. Es exactamente lo que hiciste en segundo lugar (./PixInsight.sh).
Ahora, puede que me equivoque, pero es posible que el problema te lo esté dando la configuración de seguridad. Revisa las instrucciones para correr PI en linux que aparecen en la página de descargas. Hay una sección especial hablando de eso. Hay que correr un par de comandos (lo siento, pero no ando con la clave de acceso a mano, para copiarte el texto aquí).
Ve si eso te funciona.
PD: Precisamente yo estoy escribiendo desde un Fedora13 ahora... así que si necesitas más ayuda, dímelo.