Efectivamente, como dice Carlos estos diálogos son parte de Qt y, aunque yo los he modificado respecto del código original en algunos aspectos, me niego a meter mano en la parte que controla el acceso al sistema de archivos en cada plataforma: los riesgos son demasiado elevados.
Ahora bien, existe la posibilidad de hacer que PI utilice los diálogos nativos en Windows y (en el futuro) en OS X. Estos diálogos son los que utilizan la mayor parte de las aplicaciones en estas plataformas, y en este caso sí que podrías eliminar archivos de forma "truquera" (=tricky for English readers) mandando los archivos a la papelera.
Esto se puede poner como una opción en preferencias, aunque por defecto se usarían los diálogos de Qt. La razón, aparte de que no existen diálogos nativos en Linux (y Linux manda para nosotros), es que en un futuro bastante cercano implementaremos un sistema de previsualización de archivos de imagen que sólo estará disponible en los diálogos de Qt. Tomo nota de esta posibilidad.