Vaya Ferran,
pues si que es raro, te esta diciendo que no encuentra ningún pixel con intensidades entre los limites 0.6-0.8 en la toma de más larga exposición. Estos limites los puedes controlar desdel dialogo del script. De esta manera puedes decidir que pixeles van a intervenir en el calculo de las intensidades de la imagen ya sea los pixels más brillantes como también los de baja intensidad, tanto para las tomas de larga exposición como las de corta exposición.
Ahora bien, es extraño que no te encuentre ningún pixel en ese rango ya que se supone que debes tener cosas quemadas en la foto de larga duración, así que creo que es posible que no se te estén ordenado bien las fotos. Si te fijas el script ordena todas las fotos de manera automática al principio del proceso, se intenta que sea de menor a mayor exposición. En los tests que hicimos vimos que el algoritmo de ordenación para imágenes de cielo profundo no siempre es válido para composiciones de fotografía normal. Si ves que se esta ordenado mal las imagenes (se escriben todas ordenadas al principio del proceso por la consola), activa el checkbox "Use average illumination to sort images" para activar el algoritmo para fotografia normal, a ver si así funciona bien!
Bueno, espero que entre estas dos cosas este la solución a lo que te pasa, a ver si hay suerte,