Hola Gabri
Con esas imagenes en png basta... Internamente, a PixInsight le da lo mismo el formato de los archivos. Sin embargo, te pediria que nos mandaras el icono de procesamiento con el cual te ocurre el error, para reproducirlo exactamente igual en nuestros equipos.
Abre las dos imagenes, define cual es la referencia y el blanco, situa todos los pares de puntos, y finalmente, tira el proceso al fondo de la ventana principal. Luego, guarda eso (boton derecho sobre el fondo) en un nuevo archivo .pi-psm. Experimentare de todas maneras con esas imagenes...
Por cierto, si las imagenes ya estan alineadas, y solo tienen desplazamientos, con un solo punto te basta. Utilizar muchos puntos en DA seria el equivalente a alinear nuevamente con una opcion multipunto, puesto que DA utiliza un modelo altamente flexible, y que distorcionara la imagen para hacer calzar perfectamente todos los puntos de control.