Hola Maxi
Tenemos en la lista de espera la alineacion automatica y la integracion. De momento, como dijo David, puedes probar con el script de FFTRegistration. En breve tendremos el modulo que hace lo mismo, pero es muy probable que le gane en velocidad. Ademas, asi con un contenedor de imagenes podras actuar sobre archivos y automatizar el proceso. Las transformaciones de momento seran solamente afines (rotacion, traslacion y escala), asi que queda pendiente el usar un modelo flexible. Se supone que estoy trabajando en eso ;) pero me estoy distrayendo con otros problemas primero.
En cuanto a la integracion de imagenes, en una version antigua de PixInsight STD (en la antigua plataforma de desarrollo) teniamos esa herramienta solo para archivos FITS. Llevo meses diciendole a Juan que la incluyamos... pero teniamos la esperanza de que un desarrollador externo, que se habia comprometido a escribir un modulo muy similar, lo presentara y asi ahorrarnos el trabajo. Parece que no sera asi :P asi que a tener un poco de paciencia.
Y por cierto, el actual DynamicAligment permite hacer alineacion con solo 2 estrellas.