Hola David
Sí, efectivamente cuando tienes un script cuyo texto ha sido modificado y lo ejecutas, siempre se guarda primero el archivo. Esto es porque el engine de JavaScript, tal como lo he incorporado en PI, ejecuta siempre archivos, nunca scripts residentes en memoria. Hay evidentes razones de seguridad para que esto sea así; piensa que de lo contrario abriríamos la puerta a que alguien ejecutara cosas muy muy feas si encontrara la posibilidad de hacer un buffer overrun o algún back door (que nunca se debe jurar que no lo va a haber, aunque se esté muy seguro, como es el caso).
Respecto de los paquetes. Tenemos un problema: no se puede seguir haciendo la distribución de archivos tal como hasta ahora. La razón es que PI es ya ahora una plataforma de desarrollo, incluso la versión sin PCL, y la existencia de archivos fuente situados de forma controlada en un único subárbol de directorios es esencial. Los problemas que comentas son una muestra de esto. Además hay más razones, como la portabilidad del código entre diferentes instalaciones (#include pjsr/loquesea siempre tiene que funbcionar si loquesea existe, esté donde esté todo el tinglado) y la detección automática de los scripts de ejemplo, por citar un par.
Así que la solución, como ya te comenté en un mensaje privado, yo creo que es que los paquetes se instalen en un único directorio, a saber:
/usr/lib/pixinsight
y toda la estructura de directorios propia de PI colgando de ahí. O sea tal como se instala Qt, o FireFox (y en general todas las aplicaciones de Mozilla), por ejemplo. No podemos repartir el ejecutable por un lado, los fuentes por otro, etc. Por una parte, esto te ahorra un montón de faena
Por otra, sé que te va a dar náuseas
A ver qué piensas de esto. Por otra parte, lo de los mensajes un poco confusos respecto del acceso a archivos, pues sí, es verdad que deberían ser a veces más precisos. Todo se andará :-)