Hola Luis
Carlos te ha mostrado cómo ChannelMatch se puede utilizar para alinear los canales de una imagen RGB de forma manual. La misma herramienta te permite también multiplicar cada canal por una constante (última figura del mensaje de Carlos).
Ahora bien, el tema del balance cromático de las imágenes, como te ha insinuado ManoloL, es complejo y tiene muchas facetas. ChannelMatch te puede servir de una forma puntual, pero la cuestión más importante es cómo encontrar una forma consistente para calibrar el color de tus imágenes. En general, la herramienta más adecuada para esto es PixelMath, no ChannelMatch. Pronto vamos a publicar un videotutorial que explica cómo realizar estas tareas, al menos los pasos más sencillos.
Utilizar el valor de la mediana en cada canal como el balance de medios tonos en un ajuste de histogramas no es una forma adecuada, en general, de balancear el color de las imágenes. Entre otros problemas, este "método" destruye la linealidad de los datos, que es una característica muy importante de los sensores digitales de imagen, y algo que hay que cuidar de forma especial. También en este caso estamos trabajando en videotutoriales específicos, que espero que estén listos en poco tiempo.
En cualquier caso, la recomendación de estudiar los tutoriales existentes es muy buena, ya que hay material abundante para empezar a aplicar técnicas bien fundamentadas y "pillarle el truco" al asunto. No es tan difícil y no hay que ser matemático; es cuestión de práctica y paciencia.
Edito: Carlos te acaba de sugerir una técnica muy correcta que puedes experimentar, y que puede mejorar tus imágenes mucho de una forma sencilla. Fíjate que lo que se hace es multiplicar cada canal por un valor constante, lo cual no altera la linealidad.