Hombre, la verdad es que cuando calculas la generación de un conjunto de muestras muy elevado, digamos más de un millar de cajas, en mi equipo actual se ralentiza bastante ese paso. Como en este caso se trata de un proceso dinámico interno, el programa no está aún generando un modelo de fondo propiamente dicho (de hecho no se activa ni progresa la consola para nada). No sé si en ese caso la arquitectura de la plataforma permite poner un aviso tipo: 'Calculating samples...Please wait' o algo así.
De momento puedes asegurarte de que el proceso continua en estado activo si tienes visible pixinsight.exe desde la pestaña Aplicaciones del Administrador de tareas de Windows.
