El archivo conteniendo la licencia debes guardarlo, hacer una copia de seguridad. Este archivo es el que te permite abrir PI (y no se necesita estar conectado a internet para hacerlo).
Si quieres resetear la aplicación, puedes lanzarla manteniendo la tecla CTRL apretada, y se te abrirá una ventana preguntando si quieres volver a la configuración de fábrica. Usualmente esto corrige los problemas que uno pudo haber tenido. También asegúrate que el antivirus no esté entrometiéndose, ya que podría bloquear alguno de los archivos al instalarse, sobretodo el acceso a los módulos de procesamiento. Si alguno no se carga, igualmente lo puedes instalar posteriormente desde el menú principal, Process, Manage Process y luego Install.
Saludos