David,
Sí, por supuesto que el borrado automático de todos los settings va a desaparecer. Estuve tentado de quitarlo en la 325, pero me entró un poco de miedo por si había conflictos (tenía muy poco tiempo para probarlo el viernes) inesperados.
La siguiente versión (en pocos días) ya no va a hacer esta barbaridad ;-)
Carlos, ahora para resetear todas las preferencias y settings hay que usar PI desde línea de comandos. Abre una ventana de consola (MS-DOS o como se llame) en Windows y escribe:
PixInsight32 --uninstall
y pulsa Intro.
En Linux lo mismo, pero además la salida por consola funciona :-)